Le côté obscur du monde de la recherche

Depuis les années 1990, il est beaucoup question du problème de l’intégrité dans la recherche scientifique et à juste titre car il devient vraiment préoccupant. En début de cette année 2018, à un mois d’intervalle, nous avons pu entendre à ce sujet, sur France Culture, deux hauts responsables de la recherche. Le Professeur Antoine Petit, nouveau président de l’un des plus grands organismes publics de recherche en France (CNRS) et le Professeur Pierre Corvol du Collège de France,  auteur d’un volumineux rapport sur le sujet. Ce rapport a été remis en 2016 à M. Thierry Mandon, alors Secrétaire d’État à l’Enseignement Supérieur et à la Recherche et avait abouti à la création de L’Office Français de l’Intégrité Scientifique (OFIS). Aux USA, un organisme équivalent avait déjà été mis en place dès 1992 et, depuis cette date, deux conférences mondiales se sont tenues sur cette question, ce qui traduit bien l’inquiétude générale. Dans leurs interventions radiophoniques, ces deux hauts responsables affirmaient qu’à partir du moment où une fraude était avérée, il ne fallait pas hésiter à sanctionner très sévèrement le ou les chercheurs coupables. Mais le rapport de Pierre Corvol, comme les deux interventions radiophoniques et les articles de presse sur le même sujet, ne couvrent qu’une partie des problèmes liés à l’intégrité scientifique. Ils n’évoquent jamais ceux qui concernent les instances d’évaluation et cette lacune m’a incité à écrire ce billet. Les fraudes dues aux chercheurs eux-mêmes ne seront donc que brièvement évoquées ici.

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Lamarck et Darwin : deux visions divergentes du monde vivant

Ceci est une brève présentation d’un article qui vient d’être publié dans l’Encyclopédie de l’environnement, remarquablement illustré par mon collègue Jacques Joyard, Directeur de Recherche honoraire au CNRS, que je remercie vivement. J’en présente simplement le résumé, accompagné d’un bref commentaire.

Résumé

Les deux dernières décennies ont vu s’accumuler des données scientifiques sur les phénomènes dits épigénétiques, modifications de l’expression des gènes induites par l’environnement et transmises transitoirement à la descendance. Ceci a conduit des auteurs à faire le rapprochement avec le lamarckisme, certains vont même jusqu’à proposer l’élaboration d’une nouvelle théorie synthétique de l’évolution combinant les théories de Lamarck et de Darwin. Une comparaison des principes de base de ces deux théories montre que leurs visions du monde vivant sont trop divergentes pour être conciliables. Ceci n’enlève rien au fait que les recherches sur les phénomènes épigénétiques conduiront certainement à un enrichissement de la théorie darwinienne.

Commentaire

Comparer les théories de Lamarck et de Darwin présente bien sûr un intérêt en soi, puisque les idées de ces deux grands naturalistes constituent des étapes historiques décisives dans la compréhension de l’origine de la vie et de l’évolution du monde vivant. De plus, c’est aussi un bon moyen d’aider le lecteur à clarifier ses idées sur ces grandes questions, dont tout indique qu’elles sont encore et toujours très mal comprises, y compris par ceux qui se disent tout à fait convaincus du fait évolutif.

Mais l’intérêt de cette comparaison est plus global. Comprendre les mécanismes de l’évolution biologique c’est aussi comprendre les lois qui régissent toujours et partout le monde vivant, ce qui est manifestement bien loin d’être chose acquise pour la grande majorité des gens. A lire ou écouter beaucoup de ceux qui parlent de la nature, on a l’impression d’un remake de la Théologie Naturelle. Une vision du monde qui était la croyance majeure jusqu’au XVIIIe siècle : la nature est bonne et harmonieuse car créée par Dieu qui, étant parfait, ne peut faire que des choses parfaites. La référence à Dieu n’étant plus très tendance de nos jours, le fantasme de la perfection a été transféré à la nature elle-même.  Celle-ci est sacralisée, quasiment déifiée et prend, dans la foulée, un N majuscule. Cette croyance, plus ou moins consciente, est même l’une des caractéristiques du courant environnementaliste. On y entend des discours qui se situent en plein imaginaire, aux antipodes du réel, de la part de gens dont l’observation de la nature est superficielle, juste pour l’agrément du spectacle.

Ce texte, comme celui sur la théorie de l’évolution publié dans la même encyclopédie et sur ce blog (à quelques variantes près dont le titre), est censé s’adresser à un large public et devrait aider à mieux comprendre  le monde vivant, sur la base des connaissances scientifiques plutôt qu’à travers une représentation fantasmatique.

 

Comment les organismes vivants protègent leur ADN

résumé

On sait depuis déjà longtemps que les bactéries réagissent aux agents mutagènes par une réponse adaptative qui stimule les gènes de réparation de l’ADN. Nous allons voir ici des expériences sur des animaux et des plantes montrant une stimulation analogue suite à des doses modérées de rayonnements, qui ont donc des effets bénéfiques sur l’organisme. Ceci nous amènera à évoquer le cas a priori surprenant de la zone interdite de Tchernobyl, spontanément devenue une réserve d’animaux sauvages. Pour terminer nous évoquerons l’interminable et parfois vif débat sur l’existence même de cette réponse adaptative, que les toxicologues dénomment aussi « hormesis ».

Introduction

Dans un article écrit pour l’Encyclopédie de l’environnement : « Le génome entre stabilité et variabilité » , je signalais l’existence de mécanismes qui stimulent l’efficacité des réparations de la molécule d’ADN suite à des anomalies de structure (lésions) provoquées par des agents mutagènes (génotoxiques). Dans le cadre de cette encyclopédie, il n’était pas possible de développer ce sujet.
Je me devais d’y revenir dans ce blog. D’une part parce que ce fut le thème de recherche de mon équipe de Marseille-Luminy, pendant une dizaine d’années. D’autre part parce qu’il s’agit d’un sujet important, notamment en biologie fondamentale et en radiothérapie anti-cancéreuse. Pour rester accessible à un large public, objet même de ce blog, je me focaliserai sur l’essentiel. Les biologistes qui seraient intéressés trouveront des liens vers les publications scientifiques. Lire la suite

Encyclopédie de l’environnement

Ce court billet pour signaler la création d’un site en accès libre traitant des questions environnementales. Il est conçu et mis en œuvre par des scientifiques et parrainé par l’Université Grenoble-Alpes. Cette encyclopédie de l’environnement comporte huit rubriques traitant chacune d’une composante essentielle de notre environnement : air, eau, sol, climat, physique, vivant, santé, société. A ce jour (19 oct. 2016), 57 articles sont en ligne, beaucoup d’autres sont en préparation. Tous les textes sont écrits par des scientifiques spécialisés dans les sujets traités; Ils permettront aux lecteurs de disposer d’informations fiables et d’être en mesure d’exercer leur esprit critique sur un sujet qui prend de plus en plus d’importance et qui est bien souvent mal traité (en 2 mots comme en 1 seul) par les médias.

Je profite de cette annonce pour ajouter quelques commentaires plus personnels. Cette initiative était devenue nécessaire dans le contexte actuel. Il règne en effet sur les questions environnementales une grande confusion, créée et entretenue par des organisations à intérêts divers, politiques ou commerciaux (le cumul n’étant pas interdit !), qui déclarent tout et son contraire sur ce vaste et important sujet. Déclarations abondamment relayées par les médias, d’autant plus fortement qu’elles sont plus génératrices d’inquiétudes. C’est très bon pour l’audimat, donc pour les recettes publicitaires. Un véritable commerce de la peur s’est ainsi développé et prend des proportions qui peuvent légitimement inquiéter pour au moins deux raisons. D’une part, ces campagnes de désinformation entraînent les dirigeants politiques à prendre des positions démagogiques dommageables, d’autre part elles alimentent un dangereux courant antiscience, de plus en plus tapageur et parfois violent. Les groupes associatifs ou politiques qui mènent ces campagnes se réclament de l’écologie. Or l’écologie est une science, née à la fin du 19e siècle, suite aux théories de Lamarck et surtout de Darwin, et ces campagnes de peur sont theologie-naturelleaux antipodes de la démarche scientifique. Non seulement par les arguments avancés, mais plus profondément par la vision de la nature qui les anime. Une vision toute imprégnée de la théologie naturelle, pensée religieuse dominante jusqu’à Darwin. Elle prônait la croyance que tout est harmonie dans une Nature créée par intervention divine. Sous-entendu : toute intervention de l’homme est sacrilège. Il faut vraiment n’avoir aucun sens de l’observation pour croire que la nature est bonne et harmonieuse, et il faut être fortement imprégné de culture biblique pour considérer que l’homme est extérieur à cette nature. En d’autres termes, tous ces marchands de peur sont encore tout pénétrés de relents créationnistes sans en être du tout conscients.

En bref, le terme « écologie » est littéralement usurpé à des fins politiques ou commerciales. C’est au point que les chercheurs de cette discipline, depuis déjà longtemps, ont préféré renoncer au qualificatif d' »écologistes » et le remplacer par celui d' »écologues ». Un abandon défaitiste, lié en partie à des problèmes internes à cette discipline, qui a été peu judicieux et se trouve à l’origine d’un malheureux malentendu chez le grand public. Ainsi, la plupart des gens s’imaginent que lorsqu’un parti ou une association s’exprime au nom de l’écologie, c’est en s’appuyant réellement sur des connaissances scientifiques, alors que c’est rarement le cas. On trouvera beaucoup plus d’informations sur ce sujet dans deux ouvrages clés :

-L’écologie est -elle encore scientifique ? de Christian Lévêque, publié en 2013 aux éditions Quae.

L’écologie kidnappée de Georges Guille-Escuret, publié en 2014 au PUF.

L’évolution biologique entre science et croyances

« L’évolution ne cesse d’aller à contre-courant de nos réflexes premiers et profonds. Pourquoi ? Tout simplement parce que parler d’évolution c’est parler de science et seulement de science ». Guillaume Lecointre « Guide critique de l’évolution »

Dans plusieurs textes de ce blog il a été question de l’évolution des êtres vivants, phénomène généralement très mal compris et pas seulement par le grand public. Pourtant, il s’agit de la découverte scientifique qui a eu l’impact le plus considérable sur notre représentation du monde vivant et de la place que nous y occupons. Elle a fait passer l’Homme du statut d’un être créé par Dieu à son image au statut d’une espèce issue d’une très longue histoire évolutive à partir d’autres organismes. C’est là bien sûr la raison essentielle des incompréhensions, réticences et rejets dont elle est toujours l’objet. Elle bouleverse aussi notre perception des écosystèmes, que nous savons maintenant être en perpétuel changement et non plus statiques (une vision encore majoritaire dans la mouvance dite «écologiste»). Il m’a paru utile de résumer en un seul texte, le plus bref possible pour en faciliter la lecture, les concepts les plus basiques de ce processus évolutif en renvoyant, pour plus de détails, à d’autres textes de ce blog ou à des ouvrages plus complets. Lire la suite

ADN partout… ADN nulle part… perplexité d’un généticien

Comme on peut s’en douter à la lecture du titre, ce texte est écrit sur le mode humoristique, je ne vois pas d’ailleurs de quelle autre façon pourrait être traité un pareil sujet même si, tout compte fait, ce qui en ressort n’est pas vraiment réjouissant. Comme dit la chanson de Jean Ferrat : « Faut-il pleurer, faut-il en rire ? … » . A chacun de juger. Lire la suite

Croyances et démocratie

9782130607298La principale raison d’être de ce blog étant de démystifier les « croyances, superstitions et dérives médiatiques » dans les domaines qui touchent à la Génétique, et ils sont nombreux, je me devais de signaler un livre qui va bien au-delà de ce champ de compétences et dont la lecture est à la fois agréable et stimulante, voire même très surprenante par moments. Il s’agit de « La démocratie des crédules » de Gerald Bronner.  Cette lecture intéressera tous ceux qui veulent aiguiser leur esprit critique pour faire face à ces avalanches de croyances, plus délirantes les unes que les autres, auxquelles nous sommes confrontés en permanence avec les média et certaines ONG,  surtout depuis le développement d’internet. Lire la suite

Le maïs, le petit papillon et les méchants champignons – Fable italienne très édifiante

Dans l’article « OGM, fantasmes et réalités », j’avais évoqué la dangerosité alimentaire des mycotoxines dont certaines sont à la fois cancérogènes, neurotoxiques, et autres joyeusetés. C’est le moment d’y revenir à la lumière d’un énorme scandale sanitaire qui agite l’Italie et dont nous n’avons aucun écho en France. Le directeur d’une coopérative agricole  regroupant 16 producteurs a été emprisonné et une vingtaine d’autres personnes sont, à des degrés divers, poursuivies par la justice. Près de 300 carabiniers  sont mobilisés pour effectuer des dizaines de perquisitions. L’affaire est donc de taille et sous la pression publique, l’enquête est menée grand train et en profondeur, du moins on peut l’espérer. Lire la suite

Les surprises de l’évolution : des virus parmi nos ancêtres ?

A plusieurs reprises, j’ai abordé ici des questions touchant à l’évolution ou à la transgenèse. C’est une bonne raison pour parler d’une découverte récente qui fait un lien très spectaculaire entre ces deux sujets. Elle montre le rôle inattendu joué par certains virus dans l’apparition d’une innovation évolutive essentielle chez les mammifères : le placenta.

Schéma d'un virion de VIH

Schéma d’un virion de VIH. Les protéines de l’enveloppe sont les petites protubérances ovoïdes fixées sur la membrane virale, à la surface du virion .

Les virus impliqués dans cette innovation évolutive appartiennent à la famille des rétrovirus ( retroviridae ). L’exemple le plus largement connu est le VIH, responsable du SIDA. Mais il  en existe de nombreuses sous-familles qui infectent toutes les espèces connues, aussi bien animales que végétales et toutes ne sont pas  pathogènes. J’ai déjà eu l’occasion d’en parler dans l’article « OGM : fantasmes et réalités ». Lire la suite

La montée en puissance des idéologies créationnistes

La question du créationnisme ayant été abordée dans plusieurs articles de ce blog, je tiens donc à signaler un excellent livre de Cyrille Baudouin et Olivier Brosseau qui vient de paraître aux éditions Belin : « Enquête sur les créationnismes – réseaux, stratégies et objectifs politiques » C’est un ouvrage remarquablement bien conçu. Il débute par une préface sous forme d’entretien avec l’évolutionniste Guillaume Lecointre, qui pose clairement le problème de la spécificité de la démarche scientifique et de la nécessaire neutralité de la recherche vis à vis de tous les discours politiques ou religieux. Ensuite, dans l’introduction, pour clarifier leur propos, les auteurs présentent une définition du créationnisme au sens large : « Toute tentative d’explication du monde naturel visant à prouver de manière active qu’une force surnaturelle et décisionnelle élabore le monde ». Lire la suite