Le côté obscur du monde de la recherche

Depuis les années 1990, il est beaucoup question du problème de l’intégrité dans la recherche scientifique et à juste titre car il devient vraiment préoccupant. En début de cette année 2018, à un mois d’intervalle, nous avons pu entendre à ce sujet, sur France Culture, deux hauts responsables de la recherche. Le Professeur Antoine Petit, nouveau président de l’un des plus grands organismes publics de recherche en France (CNRS) et le Professeur Pierre Corvol du Collège de France,  auteur d’un volumineux rapport sur le sujet. Ce rapport a été remis en 2016 à M. Thierry Mandon, alors Secrétaire d’État à l’Enseignement Supérieur et à la Recherche et avait abouti à la création de L’Office Français de l’Intégrité Scientifique (OFIS). Aux USA, un organisme équivalent avait déjà été mis en place dès 1992 et, depuis cette date, deux conférences mondiales se sont tenues sur cette question, ce qui traduit bien l’inquiétude générale. Dans leurs interventions radiophoniques, ces deux hauts responsables affirmaient qu’à partir du moment où une fraude était avérée, il ne fallait pas hésiter à sanctionner très sévèrement le ou les chercheurs coupables. Mais le rapport de Pierre Corvol, comme les deux interventions radiophoniques et les articles de presse sur le même sujet, ne couvrent qu’une partie des problèmes liés à l’intégrité scientifique. Ils n’évoquent jamais ceux qui concernent les instances d’évaluation et cette lacune m’a incité à écrire ce billet. Les fraudes dues aux chercheurs eux-mêmes ne seront donc que brièvement évoquées ici.

1) Les divers types de fraudes

Les fraudes liées à la pratique de la recherche sont de nature et d’importance très diverses. Elles peuvent aller d’un simple « lissage » des résultats expérimentaux, pour les rendre plus convaincants, jusqu’à une invention pure et simple de résultats, avec toutes sortes de situations intermédiaires. Il n’y a guère que deux types de cas où les preuves de fraudes peuvent vraiment être obtenues. L’un est l’invention de données, dont on connaît quelques exemples célèbres, le plus récent (2018) concernerait un archéologue qui aurait, paraît-il, fabriqué des faux pendant 50 ans de carrière ! L’autre type de cas est le plagiat de résultats d’autres chercheurs. Par contre, les cas intermédiaires sont beaucoup plus difficile à déceler et plus encore à prouver. L’un des plus fréquents, à ma connaissance, est le tri des données publiées. Un chercheur obtient, sur un phénomène donné, des résultats contradictoires selon les expériences et ne retient que ceux qui laissent croire à un phénomène intéressant pour son thème de recherche et qui peuvent donc faire l’objet d’une publication. Pour ce type de cas, comme pour le « lissage » ou « l’embellissement » des résultats, certains scientifiques dont Alain Fuchs, ancien Président-directeur général du CNRS de 2010 à 2017, préfèrent parler de « méconduites scientifiques ». Ils réservent le terme de fraude à l’invention de résultats. À mon sens, dans le cas de tri de résultats, cette différence d’appréciation est très discutable. Ces cas intermédiaires ne sont pas rares et tous les chercheurs le savent. C’est l’une des raisons qui explique l’omerta qui règne dans le milieu scientifique sur cette question, car la « méconduite » d’un seul chercheur peut entacher l’image de tout un laboratoire, avec toutes les conséquences concrètes qui peuvent en découler.

Le lecteur qui veut avoir des informations sur des cas récents de fraudes, avérées ou non (car il y a aussi des dénonciations mensongères), pourra se reporter aux articles de presse qui concernent les cas d’Olivier Voinnet, de Catherine Jessus et d’Anne Peyroche ( et plus récemment cet article). Mais, dans les cas où la fraude est avérée, on ne doit pas oublier le rôle très néfaste que joue la pression exercée par l’idéologie dominante, celle de la concurrence, de la compétition et du chacun pour soi. Bref le « darwinisme social » (bien mal nommé) qui imprègne de plus en plus nos sociétés et qui est parfois vanté au plus haut niveau politique. Dans ce contexte idéologique les chercheurs sont pris dans un engrenage qui leur ôte toute liberté d’esprit, surtout s’ils sont débutants et donc en situation de précarité. Cela se traduit par la fameuse expression anglaise « publish or perish » (traduction superflue je présume). Mais nous touchons là à une vaste question socio-politique qui dépasse largement le cadre de ce texte.

Comme je l’ai dit plus haut, le propos de ce billet n’est pas tant de parler des fraudes dans la pratique des chercheurs que d’attirer l’attention sur un problème qui n’est jamais évoqué publiquement à propos d’intégrité scientifique, celui des commissions d’évaluation. Si les organismes publics de recherche veulent sévir contre les atteintes à la probité de la démarche scientifique il doivent, en tant qu’institution, commencer par balayer devant leur porte. Ils ne peuvent faire l’impasse sur ce qui se passe dans leurs propres instances officielles et considérer qu’elle sont au-dessus de tout soupçon. Ils doivent s’assurer qu’elles sont une référence d’intégrité, or ce n’est pas toujours le cas et cela est bien connu dans le milieu scientifique.

2) Des instances d’évaluation au dessus de tout soupçon ?

Dans les années 1980, j’ai siégé dans une commission d’évaluation de l’un des grands organismes publics de recherche et plus sporadiquement dans un autre et il est clair que l’impartialité n’y est pas toujours de mise. On assiste parfois à des manipulations manifestement concertées avant la réunion officielle entre gens qui sont là beaucoup plus pour servir leurs intérêts personnels (voire régler des comptes), que pour faire une évaluation objective et impartiale. Une commission comprend généralement une vingtaine de membres, mais pour chaque dossier deux ou trois seulement en ont vraiment connaissance, parfois un seul. Pour des thèmes scientifiques originaux ou complexes, tout repose sur la compétence et l’honnêteté du ou des rapporteurs et ces deux qualités ne sont pas toujours au rendez-vous. Cela permet bien des mauvais coups contre des chercheurs ou des labos, mais parfois aussi l’inverse : c’est à dire protéger des chercheurs peu sérieux. Je me souviens du cas d’un personnage un peu charlatanesque dans un grand institut, soutenu depuis longtemps par des personnalités éminentes. A ce titre, il avait bénéficié, au fil des années, de rapports favorables dans les commissions dont il relevait. Il avait pu ainsi abuser beaucoup de monde pendant une bonne partie de sa carrière, jusqu’au jour où une commission a fait sérieusement son travail. Le degré de probité des instances d’évaluation est très variable, il dépend beaucoup de l’attitude de quelques membres influents et la personnalité du (ou de la ) président(e) est évidemment déterminante.

Ce problème des instances d’évaluation est un sujet important et on ne peut se contenter de vagues propos. Je résume donc un cas concret, que j’ai eu à connaître documents à l’appui et qui me paraît particulièrement significatif de la gravité des dérives possibles. Un jeune chercheur d’une grande institution publique de recherche apprend oralement qu’il vient d’être l’objet d’une évaluation très négative par sa commission de rattachement. Quand, deux mois après, il peut enfin consulter son dossier, délai tout à fait anormal dû au président (que s’est-il donc passé pendant ces deux mois ?), , il s’aperçoit qu’il contient deux rapports. L’un scientifiquement correct et favorable, l’autre d’une rare indigence (voir plus loin) et aux conclusions très négatives, exigeant qu’il change de laboratoire. Il constate avec stupeur que l’auteur du rapport correct a également cosigné l’autre rapport, ce qui pose évidemment la question de savoir quelles pressions qui l’ont conduit à cet acte déontologiquement grave. Ce chercheur apprend aussi que la commission a statué sur la base de l’intervention de l’auteure du rapport erroné, qui se prétendait, à tort, spécialiste du thème de recherche. A titre de comparaison, c’est un peu comme si un tribunal délibérait en l’absence de l’accusé et de son avocat et condamnait sur la seule foi d’une accusation trompeuse, sans même que les jurés aient connaissance du dossier et sans aucune possibilité pour l’accusé de faire appel.

Ceci remonte à une vingtaine d’années. Je ne résume ici que le fait le plus marquant, dûment attesté par des documents écrits. Cette affaire, qui s’était en fait échelonnée sur deux années, avait été marquée par bien d’autres péripéties tout aussi « intègres », dont une forte campagne de dénigrement de la part du président de la commission qui était en conflit d’intérêt avec l’équipe visée  (ce qui éclaire bien des choses). La décision prise était grave, car elle avait entraînée la disparition de cette équipe, et d’autant plus choquante que les travaux de ce chercheur avaient aboutis à la première mise en évidence d’un phénomène biologique important chez l’animal. Ils avaient d’ailleurs été publiés peu de temps après dans une revue spécialisée de haut niveau. Le rapport qualifié plus haut d’indigent ne faisait aucune mention de ces résultats importants, il contenait par contre d’importantes erreurs factuelles et toutes sortes de considérations très subjectives n’ayant pas leur place dans un rapport scientifique. On comprendra que je ne puisse donner plus de précisions scientifiques afin de préserver l’anonymat du chercheur concerné qui est toujours en activité, donc vulnérable.

Ce cas particulier est édifiant à un double titre car on y retrouvait aussi la fameuse omerta et cette fois au plus haut niveau de la hiérarchie. Face à cette forfaiture, le directeur de recherche de cette équipe était intervenu par courrier auprès des plus hauts responsables de cet organisme de recherche ainsi qu’auprès du ministère de tutelle. Seul le président de l’organisme avait répondu. Il déclarait qu’une nécessaire réforme du fonctionnement des commissions était en préparation, mais ne demandait aucune contre-expertise sur le cas en question. C’était en quelque sorte une omerta polie, dans la droite ligne de l’idée, souvent entendue, qu’il ne faut pas remettre en cause l’autorité des instances d’évaluation. Ce qui revient bien sûr à un refus de remettre en cause l’autorité de l’organisme lui-même. Une position déjà très contestable quand il s’agit d’institutions régaliennes (armée, police …) mais qui paraît totalement incongrue s’agissant d’un organisme scientifique.

Ceci se passait à la fin des années 1990. Il faut espérer que les règles de fonctionnement de ces instances d’évaluation ont évolué depuis. Si les responsables des grands organismes nationaux de recherche devaient continuer à laisser faire, dans le plus grand silence, toutes sortes de forfaitures, ils ne pourraient avoir l’autorité morale nécessaire pour dissuader la fraude chez les chercheurs. Une réforme à minima serait de mettre en place des instances d’appel pour les cas où des commissions d’évaluation ferait de graves entorses à la déontologie. L’OFIS, cité plus haut, devrait pouvoir remplir ce type de fonction.

Il faut bien prendre conscience que dans un contexte sociétal où la science est déjà très contestée, la question soulevée ici n’est pas du tout anodine. Le laxisme dans la probité scientifique, surtout de la part des institutions elles-mêmes, ne peut qu’entamer encore plus leur crédibilité et donner des armes aux courants antiscience.

 

Lamarck et Darwin : deux visions divergentes du monde vivant

Ceci est une brève présentation d’un article qui vient d’être publié dans l’Encyclopédie de l’environnement, remarquablement illustré par mon collègue Jacques Joyard, Directeur de Recherche honoraire au CNRS, que je remercie vivement. J’en présente simplement le résumé, accompagné d’un bref commentaire.

Résumé

Les deux dernières décennies ont vu s’accumuler des données scientifiques sur les phénomènes dits épigénétiques, modifications de l’expression des gènes induites par l’environnement et transmises transitoirement à la descendance. Ceci a conduit des auteurs à faire le rapprochement avec le lamarckisme, certains vont même jusqu’à proposer l’élaboration d’une nouvelle théorie synthétique de l’évolution combinant les théories de Lamarck et de Darwin. Une comparaison des principes de base de ces deux théories montre que leurs visions du monde vivant sont trop divergentes pour être conciliables. Ceci n’enlève rien au fait que les recherches sur les phénomènes épigénétiques conduiront certainement à un enrichissement de la théorie darwinienne.

Commentaire

Comparer les théories de Lamarck et de Darwin présente bien sûr un intérêt en soi, puisque les idées de ces deux grands naturalistes constituent des étapes historiques décisives dans la compréhension de l’origine de la vie et de l’évolution du monde vivant. De plus, c’est aussi un bon moyen d’aider le lecteur à clarifier ses idées sur ces grandes questions, dont tout indique qu’elles sont encore et toujours très mal comprises, y compris par ceux qui se disent tout à fait convaincus du fait évolutif.

Mais l’intérêt de cette comparaison est plus global. Comprendre les mécanismes de l’évolution biologique c’est aussi comprendre les lois qui régissent toujours et partout le monde vivant, ce qui est manifestement bien loin d’être chose acquise pour la grande majorité des gens. A lire ou écouter beaucoup de ceux qui parlent de la nature, on a l’impression d’un remake de la Théologie Naturelle. Une vision du monde qui était la croyance majeure jusqu’au XVIIIe siècle : la nature est bonne et harmonieuse car créée par Dieu qui, étant parfait, ne peut faire que des choses parfaites. La référence à Dieu n’étant plus très tendance de nos jours, le fantasme de la perfection a été transféré à la nature elle-même.  Celle-ci est sacralisée, quasiment déifiée et prend, dans la foulée, un N majuscule. Cette croyance, plus ou moins consciente, est même l’une des caractéristiques du courant environnementaliste. On y entend des discours qui se situent en plein imaginaire, aux antipodes du réel, de la part de gens dont l’observation de la nature est superficielle, juste pour l’agrément du spectacle.

Ce texte, comme celui sur la théorie de l’évolution publié dans la même encyclopédie et sur ce blog (à quelques variantes près dont le titre), est censé s’adresser à un large public et devrait aider à mieux comprendre  le monde vivant, sur la base des connaissances scientifiques plutôt qu’à travers une représentation fantasmatique.

 

Comment les organismes vivants protègent leur ADN

résumé

On sait depuis déjà longtemps que les bactéries réagissent aux agents mutagènes par une réponse adaptative qui stimule les gènes de réparation de l’ADN. Nous allons voir ici des expériences sur des animaux et des plantes montrant une stimulation analogue suite à des doses modérées de rayonnements, qui ont donc des effets bénéfiques sur l’organisme. Ceci nous amènera à évoquer le cas a priori surprenant de la zone interdite de Tchernobyl, spontanément devenue une réserve d’animaux sauvages. Pour terminer nous évoquerons l’interminable et parfois vif débat sur l’existence même de cette réponse adaptative, que les toxicologues dénomment aussi « hormesis ».

Introduction

Dans un article écrit pour l’Encyclopédie de l’environnement : « Le génome entre stabilité et variabilité » , je signalais l’existence de mécanismes qui stimulent l’efficacité des réparations de la molécule d’ADN suite à des anomalies de structure (lésions) provoquées par des agents mutagènes (génotoxiques). Dans le cadre de cette encyclopédie, il n’était pas possible de développer ce sujet.
Je me devais d’y revenir dans ce blog. D’une part parce que ce fut le thème de recherche de mon équipe de Marseille-Luminy, pendant une dizaine d’années. D’autre part parce qu’il s’agit d’un sujet important, notamment en biologie fondamentale et en radiothérapie anti-cancéreuse. Pour rester accessible à un large public, objet même de ce blog, je me focaliserai sur l’essentiel. Les biologistes qui seraient intéressés trouveront des liens vers les publications scientifiques. Lire la suite

Encyclopédie de l’environnement

Ce court billet pour signaler la création d’un site en accès libre traitant des questions environnementales. Il est conçu et mis en œuvre par des scientifiques et parrainé par l’Université Grenoble-Alpes. Cette encyclopédie de l’environnement comporte huit rubriques traitant chacune d’une composante essentielle de notre environnement : air, eau, sol, climat, physique, vivant, santé, société. A ce jour (19 oct. 2016), 57 articles sont en ligne, beaucoup d’autres sont en préparation. Tous les textes sont écrits par des scientifiques spécialisés dans les sujets traités; Ils permettront aux lecteurs de disposer d’informations fiables et d’être en mesure d’exercer leur esprit critique sur un sujet qui prend de plus en plus d’importance et qui est bien souvent mal traité (en 2 mots comme en 1 seul) par les médias.

Je profite de cette annonce pour ajouter quelques commentaires plus personnels. Cette initiative était devenue nécessaire dans le contexte actuel. Il règne en effet sur les questions environnementales une grande confusion, créée et entretenue par des organisations à intérêts divers, politiques ou commerciaux (le cumul n’étant pas interdit !), qui déclarent tout et son contraire sur ce vaste et important sujet. Déclarations abondamment relayées par les médias, d’autant plus fortement qu’elles sont plus génératrices d’inquiétudes. C’est très bon pour l’audimat, donc pour les recettes publicitaires. Un véritable commerce de la peur s’est ainsi développé et prend des proportions qui peuvent légitimement inquiéter pour au moins deux raisons. D’une part, ces campagnes de désinformation entraînent les dirigeants politiques à prendre des positions démagogiques dommageables, d’autre part elles alimentent un dangereux courant antiscience, de plus en plus tapageur et parfois violent. Les groupes associatifs ou politiques qui mènent ces campagnes se réclament de l’écologie. Or l’écologie est une science, née à la fin du 19e siècle, suite aux théories de Lamarck et surtout de Darwin, et ces campagnes de peur sont theologie-naturelleaux antipodes de la démarche scientifique. Non seulement par les arguments avancés, mais plus profondément par la vision de la nature qui les anime. Une vision toute imprégnée de la théologie naturelle, pensée religieuse dominante jusqu’à Darwin. Elle prônait la croyance que tout est harmonie dans une Nature créée par intervention divine. Sous-entendu : toute intervention de l’homme est sacrilège. Il faut vraiment n’avoir aucun sens de l’observation pour croire que la nature est bonne et harmonieuse, et il faut être fortement imprégné de culture biblique pour considérer que l’homme est extérieur à cette nature. En d’autres termes, tous ces marchands de peur sont encore tout pénétrés de relents créationnistes sans en être du tout conscients.

En bref, le terme « écologie » est littéralement usurpé à des fins politiques ou commerciales. C’est au point que les chercheurs de cette discipline, depuis déjà longtemps, ont préféré renoncer au qualificatif d' »écologistes » et le remplacer par celui d' »écologues ». Un abandon défaitiste, lié en partie à des problèmes internes à cette discipline, qui a été peu judicieux et se trouve à l’origine d’un malheureux malentendu chez le grand public. Ainsi, la plupart des gens s’imaginent que lorsqu’un parti ou une association s’exprime au nom de l’écologie, c’est en s’appuyant réellement sur des connaissances scientifiques, alors que c’est rarement le cas. On trouvera beaucoup plus d’informations sur ce sujet dans deux ouvrages clés :

-L’écologie est -elle encore scientifique ? de Christian Lévêque, publié en 2013 aux éditions Quae.

L’écologie kidnappée de Georges Guille-Escuret, publié en 2014 au PUF.

L’évolution biologique entre science et croyances

« L’évolution ne cesse d’aller à contre-courant de nos réflexes premiers et profonds. Pourquoi ? Tout simplement parce que parler d’évolution c’est parler de science et seulement de science ». Guillaume Lecointre « Guide critique de l’évolution »

Dans plusieurs textes de ce blog il a été question de l’évolution des êtres vivants, phénomène généralement très mal compris et pas seulement par le grand public. Pourtant, il s’agit de la découverte scientifique qui a eu l’impact le plus considérable sur notre représentation du monde vivant et de la place que nous y occupons. Elle a fait passer l’Homme du statut d’un être créé par Dieu à son image au statut d’une espèce issue d’une très longue histoire évolutive à partir d’autres organismes. C’est là bien sûr la raison essentielle des incompréhensions, réticences et rejets dont elle est toujours l’objet. Elle bouleverse aussi notre perception des écosystèmes, que nous savons maintenant être en perpétuel changement et non plus statiques (une vision encore majoritaire dans la mouvance dite «écologiste»). Il m’a paru utile de résumer en un seul texte, le plus bref possible pour en faciliter la lecture, les concepts les plus basiques de ce processus évolutif en renvoyant, pour plus de détails, à d’autres textes de ce blog ou à des ouvrages plus complets. Lire la suite

ADN partout… ADN nulle part… perplexité d’un généticien

Comme on peut s’en douter à la lecture du titre, ce texte est écrit sur le mode humoristique, je ne vois pas d’ailleurs de quelle autre façon pourrait être traité un pareil sujet même si, tout compte fait, ce qui en ressort n’est pas vraiment réjouissant. Comme dit la chanson de Jean Ferrat : « Faut-il pleurer, faut-il en rire ? … » . A chacun de juger. Lire la suite

Croyances et démocratie

9782130607298La principale raison d’être de ce blog étant de démystifier les « croyances, superstitions et dérives médiatiques » dans les domaines qui touchent à la Génétique, et ils sont nombreux, je me devais de signaler un livre qui va bien au-delà de ce champ de compétences et dont la lecture est à la fois agréable et stimulante, voire même très surprenante par moments. Il s’agit de « La démocratie des crédules » de Gerald Bronner.  Cette lecture intéressera tous ceux qui veulent aiguiser leur esprit critique pour faire face à ces avalanches de croyances, plus délirantes les unes que les autres, auxquelles nous sommes confrontés en permanence avec les média et certaines ONG,  surtout depuis le développement d’internet. Lire la suite

Le maïs, le petit papillon et les méchants champignons – Fable italienne très édifiante

Dans l’article « OGM, fantasmes et réalités », j’avais évoqué la dangerosité alimentaire des mycotoxines dont certaines sont à la fois cancérogènes, neurotoxiques, et autres joyeusetés. C’est le moment d’y revenir à la lumière d’un énorme scandale sanitaire qui agite l’Italie et dont nous n’avons aucun écho en France. Le directeur d’une coopérative agricole  regroupant 16 producteurs a été emprisonné et une vingtaine d’autres personnes sont, à des degrés divers, poursuivies par la justice. Près de 300 carabiniers  sont mobilisés pour effectuer des dizaines de perquisitions. L’affaire est donc de taille et sous la pression publique, l’enquête est menée grand train et en profondeur, du moins on peut l’espérer. Lire la suite

Les surprises de l’évolution : des virus parmi nos ancêtres ?

A plusieurs reprises, j’ai abordé ici des questions touchant à l’évolution ou à la transgenèse. C’est une bonne raison pour parler d’une découverte récente qui fait un lien très spectaculaire entre ces deux sujets. Elle montre le rôle inattendu joué par certains virus dans l’apparition d’une innovation évolutive essentielle chez les mammifères : le placenta.

Schéma d'un virion de VIH

Schéma d’un virion de VIH. Les protéines de l’enveloppe sont les petites protubérances ovoïdes fixées sur la membrane virale, à la surface du virion .

Les virus impliqués dans cette innovation évolutive appartiennent à la famille des rétrovirus ( retroviridae ). L’exemple le plus largement connu est le VIH, responsable du SIDA. Mais il  en existe de nombreuses sous-familles qui infectent toutes les espèces connues, aussi bien animales que végétales et toutes ne sont pas  pathogènes. J’ai déjà eu l’occasion d’en parler dans l’article « OGM : fantasmes et réalités ». Lire la suite

La montée en puissance des idéologies créationnistes

La question du créationnisme ayant été abordée dans plusieurs articles de ce blog, je tiens donc à signaler un excellent livre de Cyrille Baudouin et Olivier Brosseau qui vient de paraître aux éditions Belin : « Enquête sur les créationnismes – réseaux, stratégies et objectifs politiques » C’est un ouvrage remarquablement bien conçu. Il débute par une préface sous forme d’entretien avec l’évolutionniste Guillaume Lecointre, qui pose clairement le problème de la spécificité de la démarche scientifique et de la nécessaire neutralité de la recherche vis à vis de tous les discours politiques ou religieux. Ensuite, dans l’introduction, pour clarifier leur propos, les auteurs présentent une définition du créationnisme au sens large : « Toute tentative d’explication du monde naturel visant à prouver de manière active qu’une force surnaturelle et décisionnelle élabore le monde ». Lire la suite